Em 1555, Villegaignon improvisou uma fortificação para a defesa da entrada da Baía de Guanabara. Tomada por Mem de Sá dois anos mais tarde, foi ampliada, recebendo o nome "N.Sra. da Guia", origem da Fortaleza de Santa Cruz. Com uma área construída de 7.153 m2, passou por reformas e teve seu poder de fogo ampliado por ordem do Vice-Rei Conde de Cunha, visando proteger o embarque do ouro de Minas Gerais, feito no Porto do Rio de Janeiro. A Fortaleza de Santa Cruz participou de momentos importantes de nossa história, impedindo invasões francesas e holandesas. Enquanto presídio, recebeu figuras ilustres como José Bonifácio, Bento Gonçalves e Euclides da Cunha.Durante a Revolta da Armada, lutou contra o Forte de Villegaignon. Em 1922, na Revolta Tenentista, disparou contra o Forte Copacabana. Seu último disparo, contra cruzador Tamandaré, foi dado em 1955.